Algo típico de la serie. El sistema SPECIAL es un acrónimo en inglés de Fuerza-Percepción-Resistencia-Carisma-Inteligencia-Agilidad-Suerte (En inglés: Strengh-Perception-Endurace-Charisma-Inteligence-Agility-Luck) y nos dará ciertas ventajas, o desventajas, según distribuyamos puntos en las 7 habilidades. El SPECIAL lo veremos cuando seamos bebés, a través del libro "Eres SPECIAL" y, al escapar del Refugio 101, podremos modificarlo por última vez. Al modificarlo, debemos tener en cuenta que un alto nivel de Suerte aumentará nuestras oportunidades de un daño crítico en combate o de obtener bonificaciones al explorar, mientras que una Fuerza mayor nos permite llevar más objetos. Se podra volver a modificar otra vez si elegimos después de subir un nivel el extra "Entrenamiento Intensivo" que podremos subir 1 punto la habilidad que queramos.

V.A.T.S.

Una nueva característica que aumenta el nivel de estrategia en el combate en tiempo real, algo que se esperaba al ser un juego totalmente en 3D. El Sistema de Apuntado Asistido de Vault-Tec o V.A.T.S. por sus siglas en inglés (Vault-tec Assisted Targeting System) nos permite apuntarle a una cierta parte del cuerpo de un enemigo cuando luchemos. El sistema es algo simple de usar:

• En caso de que usemos un arma cuerpo a cuerpo, el VATS seleccionará todo el cuerpo del enemigo, pero solo funcionará si estamos a la distancia correcta.
• Si usamos armas de fuego, la cosa cambia. Ahora podemos seleccionar las partes del cuerpo del enemigo a las que queremos disparar. Por ejemplo, en los humanos, podemos apuntar a: cabeza, torso, brazo izquierdo, brazo derecho, pierna izquierda, pierna derecha y arma (Si el enemigo lleva una).

Cuando seleccionemos una parte del cuerpo, si no es toda por armas cuerpo-a-cuerpo, el VATS nos dirá el estado de salud del área seleccionada y un porcentaje, que es nuestra posibilidad de impacto (un porcentaje del 40% significa que es muy probable que no demos, mientras que un 95% es casi asegurado). Mientras usemos el VATS, la acción alrededor nuestro pasa a cámara lenta, y no seremos afectados por explosiones o misiles. Además, usando el VATS podemos dispararle a una granada en vuelo, o a un misil que se dirige a nosotros o a nuestros compañeros. Y si tenemos suerte, podremos hacer que ese peligro haga "boom" en el aire. Cuando ganemos el perk (Algo así como "Habilidad especial) "Misteryus Stranger" o "Extraño Misterioso", ocasionalmente cuando usemos el V.A.T.S. aparecerá nuestro propio ángel guardián. Un hombre de color, vestido a lo investigador privado, armado con una Mágnum.44 cargada, y que atacará a nuestro objetivo...con precisión y efectos increíbles. Tienes que mantenerte atento a tus "AP" o "ACTION POINTS", pues por cada vez que uses V.A.T.S, se reducirán, puedes usar "jet" (droga), para aumentar el numero de AP's que tienes.

Pip-Boy 3000

Como podía faltar, el Pip-Boy 3000, y el carismático Vault-Boy, vuelven en esta entrega de la serie Fallout. A diferencia de sus otras versiones, el nuevo Pip-Boy ha sido diseñado para que funcione como un reloj de muñeca, aunque tiene estas y muchas otras funciones. Nuevamente con el conocido Vault Boy en casi todas las pantallas, nos permite no solo administrar nuestros objetos y ver nuestro estado actual, sino que podemos recoger notas para guardarlas para siempre, oír grabaciones que podemos recolectar, ver fotografías (A dos colores, lamentablemente) y podremos oír la radio. Por último, podemos elegir el color de las letras de nuestro Pip-Boy.Hay que añadir que una vez descubiertos lugares en el mapa como Megatón, el edificio de RG( Radio Galaxia) podemos viajar alli aunque estemos al otro lado del mapa solo con selecionar la ubicación en el mapa y automaticamente nos trasladaremos allí.